Ze względu na rozszerzający się kult maryjny, już w XVIII w. kaplicę zastąpił kościół. Była to budowla późnobarokowa, orientowana, murowana z cegły i otynkowana. Projekt na planie prostokąta, trzynawowy, bazylikowy, wzorowany był na katedrze lubelskiej. Przed kościołem wzniesiona została wysoka kolumna na której zakonnicy umieścili figurę Matki Boskiej.
Prawdopodobnie zadaniem jezuitów w Chodlu było stworzenie silnego centrum maryjnego, które miało być przeciwwagą dla szerzącej się na Lubelszczyźnie reformacji. W istocie - miasto to nie przeszło nigdy w ręce ewangelików i pozostało ostoją katolicyzmu.
Tuż przy świątyni jezuici wybudowali letnią rezydencję, gdzie starsi zakonnicy z kolegium lubelskiego spędzali lato. Budynek mieszkalny otoczony był pięknym ogrodem. Obok niego znajdowała się karczma i drewniany szpital.
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. cały kompleks zaczął szybko popadać w ruinę. Cudowny obraz Maryi przeniesiony został do kościoła parafialnego św. Trójcy. Obecnie zachowały się jedynie niszczejące ściany boczne kościoła.